专利审判也遇到了许多司法难题。目前专利审判仍面临着许多复杂、疑难的法律适用问题，需要通过完善立法和制定司法解释等予以明确和规范；我国专利法实施的时间还不长，专利保护的实际运作机制还不很顺畅；专利案件审理周期相对较长，因中止诉讼导致的案件久拖不决的问题还比较突出；各地专利审判发展水平不很平衡，执法经验和水平也还有所差异，专利审判的整体水平有待进一步提高；
专利法官队伍的职业化建设有待进一步加强，提高队伍的整体素质仍是需要着力解决的问题。
（二）专利审判面临着严峻的国际挑战
在知识经济的时代背景下，国际知识产权保护态势正在发生深刻变化，发达国家不断强化知识产权保护，大幅提升知识产权保护水平，制定并实施知识产权战略，极力推进国际知识产权规则朝有利于发达国家的方向变革；传统国际法上的执法主权原则在知识产权领域受到挑战，国际知识产权正在从关注规则的建立向侧重于关注执法问题的方向发展。近年来，美国、日本、欧洲均在推行其知识产权战略。美国在去年出台了21世纪战略规划，旨在建立以市场为先驱的知识产权制度。最近美国有一些人批评、指责中国的贸易政策，中国对知识产权保护问题是其关注的重点之一。日本将其“技术立国”的国策修改为以“知识产权立国”，在去年底制定了知识产权基本法，今年3月政府内阁又成立了首相亲自挂帅的知识产权战略本部，制定了“知识产权战略推进计划”，司法制度改革和政府支持以打击国外侵权均是其知识产权保护战略的重点。欧盟也一直通过多种渠道对我国的知识产权保护工作施加影响。目前发达国家还正在努力把知识产权执法问题作为世界知识产权组织的主要议题，该组织最近就成立了专门负责审议有关知识产权执法问题的执法咨询委员会。发达国家推行知识产权战略的目的是，以知识产权保护来推动其国内经济的发展和扩张其在全球的经济战略，以保持其大国地位和在全球的影响力；其关注的重点是知识产权的国际保护，明显有指向包括中国在内的发展中国家的倾向。
未来世界的竞争主要是技术和智力资源的竞争。目前世界经济正在恢复中，而我国经济快速发展，中国市场对于跨国公司而言愈显重要。我国与国际经贸关系也会越来越紧密，相互依赖性增强。一些跨国公司更加注重通过专利战略和国际技术标准，通过行使知识产权的方式，以增强其技术垄断地位。毋庸置疑，专利审判作为知识产权执法的重要内容，将越来越多地成为国际和国内关注的执法热点。近年来，我国与某些国家的贸易摩擦时有发生，我国企业在知识产权领域特别是专利问题上遭遇的跨国纠纷不断。在这种严峻的国际挑战和日趋激烈的国际竞争面前，如何处理好专利案件特别是涉外专利案件，将是对我国专利审判工作的重大考验。
