在代开票时按开具的货物运输业发票注明的运费和其他价外收费征收营业税、所得税及 附加 应当为营业税及城建税、教育费附加的征收率（即3.3%的征收率）和省级国家税务局、地方 税务局联合确定的所得税征收率。
省级国家税务局、地方税务局联合确定的所得税征收率不得低于国家税务总局规定的所 得税征收率标准。
（二）对代开票的纳税人按月或按季结算。代开票纳税人在缴纳定额税款时，地方税务局 应按 其在代开票时取得的税收完税凭证为依据，如完税凭证上注明的税款大于定额的，以开票时 缴纳的税款为准，不再征收定额的税款；如完税凭证上注明的税款小于定额的，则补缴定额 与完税凭证上注明的税款差额部分。
（三）对代开票纳税人采取按月还是按季结算，由省级地方税务局确定。
五、地方税务局代开货运发票时，应加盖代开票地方税务局发票专用章，专用章要有代 开票地方税务局名称和地方税务局代码。
中介机构代开发票时，要加盖中介机构开票人专章（式样附后）。
地方税务局发票专用章的式样、规格国家税务总局不作统一规定，由省级地方税务局制 定。
六、地方税务局应将地方税务局、自开票纳税人和中介机构开具的所有货物运输业发票 负责 汇总，并按省级地方税务局确定的级次送国家税务局，国家税务局应按有关规定将电子信息 逐级上报上级国家税务局。
地方税务局、自开票纳税人和中介机构填写货物运输业发票清单应当包括其开具的所有 货物运输业发票，而不仅是开具给增值税一般纳税人的货物运输业发票部分。
七、对2002年以后新办的货物运输单位的所得税，由代开票单位在代开货物运输业发票 时统一代征，由地方税务局统一入库。
八、增值税一般纳税人取得税务机关认定为自开票纳税人的联运单位和物流单位开具的 货物运输业发票准予计算抵扣进项税额。
九、准予抵扣的货物运费金额是指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货 票上 注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用，装卸费、保险费和其他杂 费不予抵扣。货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不 予抵扣。
