3、完善监管机制。把对龙头企业的积极扶持与严格监管结合起来，加强项目立项评审工作和项目执行过程中的监管工作，防止企业多头申报项目，严防资不抵债、经营业绩不良和不能有效带动农民增收的企业，骗取国家财政资金。
（二）制定和完善对农民专业合作经济组织和农产品专业协会的扶持政策
1、坚持民办、民管、民受益的原则，重点扶持以产品或产业为纽带组织起来的农民专业合作经济组织。允许具有法人资格的农民专业合作经济组织作为项目主体申报农业综合开发项目，对符合立项条件的项目，要一视同仁乃至优先予以扶持。扶持的条件是：优势产业明显；具有法人资格；经营管理规范；与会员建立起紧密型的利益联结机制。
2、对农产品专业协会，重点扶持其开展科技推广、技术培训、营销服务等；对其承担某个农业综合开发项目的技术培训、科技推广任务，允许用该项目的科技推广费给予相应补贴。
五、加强科学管理
（一）明确各级农发办事机构工作职责
按照权责统一、分级管理、分级负责的原则，进一步明确各级农发办事机构的工作职责。国家农发办要与有关部门紧密配合，以宏观管理为主，负责农业综合开发方针政策及规章制度的制订及监督检查，组织开展重大问题调研等。地方各级农发办事机构要贯彻落实国家农业综合开发各项政策制度，具体负责加强项目和资金的管理。
（二）发布项目立项（招商）指南
从2004年起，国家农发办于每年上半年，向各省（区、市）发布下一年度项目立项指南，明确项目申报的指导思想、重点建设内容及其他相关要求，以利于各地组织申报项目。其中对产业化龙头项目，要通过新闻媒体向社会公布招商指南，以利于在全国范围内实现择优立项。
（三）改革下达投资控制指标的方式
国家农发办每年分别下达土地治理项目和产业化经营项目的投资控制指标。同时，将产业化经营项目投资控制指标由指令性变为指导性，根据项目准备及评审情况，确定各地产业化经营项目投资规模。一省（区、市）指导性指标如有结余，大部分指标可在全国范围内调剂使用，少部分指标留在本省（区、市）转用于土地治理项目。
（四）改进项目评审工作
合理划分国家、省两级项目评审权限。国家农发办负责少数重点项目的评审，其他项目均由省级农发办和中央有关部门农发办负责评审。坚持专家评审和实地考察相结合，探索项目申报单位答辩的评审新模式。按照谁评审、谁负责的原则，建立严格的评审责任制。产业化经营项目的部分评估审定权限下放到省级农发办后，必须相应完善制约监督机制。
