第二阶段（6-8月）：企业自查自纠阶段。要部署和督促企业按照《
职业病防治法》、《
使用有毒物品作业场所劳动保护条例》、《
危险化学品安全管理条例》和国发[2002]9号文件的要求，进行对照检查，认真落实法律法规的有关规定，自查自纠存在的薄弱环节。依法进行职业病危害项目申报，建立和完善作业场所职业病危害预防控制、劳动者健康监护等各项职业卫生管理制度，规范生产经营、劳动用工行为，加强安全生产工作，认真落实各项整治要求。
第三阶段（9-11月）：集中整治阶段。按照专项整治工作要求，认真组织对企业自查自纠的情况进行监督检查。对检查出来的突出问题，要采取有效措施，限期整改，及时消除隐患。该停业整顿的一律停业整顿，该关闭的要坚决依法予以关闭。
第四阶段（12月-2003年1月）：总结阶段。各地对专项整治工作进行总结，汇总上报整治工作情况。
国务院有关部门将组成联合督查组，对各地专项整治工作开展情况进行督查。
六、组织领导
（一）专项整治工作要按照国发[2002]9号文件提出的“全国统一领导、地方政府负责、部门指导协调、各方联合行动”的原则，由各级人民政府具体负责组织实施。由卫生行政部门牵头，会同经贸（安全生产监管）、劳动保障等部门共同组织。具体职责如下：
卫生部门负责职业卫生工作的监督检查；
安全生产监督管理部门负责安全生产设施及措施的监督检查；
劳动保障部门负责劳动者权益保障工作的监督检查；
工商、质量技术监督部门负责对违规生产经营行为的监督检查；
税务部门负责对纳税情况的监督检查；
公安部门负责对涉嫌犯罪案件的查处；
工会组织负责群众性劳动保护监督检查。
（二）成立全国有毒有害化学品生产、销售和使用专项整治工作领导小组（以下简称领导小组）。领导小组下设专项整治工办公室（以下简称办公室），办公室设在卫生部，负责专项整治工作的具体组织和协调。
地方各级人民政府要设立相应的专项整治工作领导小组和办公室，负责本地区专项整治工作的组织、实施和信息的汇总上报工作。
