清理整顿行政执法队伍，实行综合行政执法试点工作的指导思想是：以“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻依法行政、从严治政的方针，转变政府职能，调整机构，精简人员，实行综合行政执法；完善日常管理制度，健全监督制约机制，整顿和规范市场经济秩序，逐步建立与社会主义市场经济体制和世界贸易组织规则相适应的统一、规范、高效的行政执法体制，建设廉洁公正、作风优良、业务精通、素质过硬的行政执法队伍。
试点工作遵循以下原则：
(一)“两个相对分开”。进一步转变政府部门与行政执法机构的职能和管理方式，实现政策制定职能与监督处罚职能相对分开，监督处罚职能与技术检验职能相对分开，实行综合行政执法。
(二)权责一致。合理划分政府部门与行政执法机构的职责权限，明确综合行政执法机构的管辖范围，理顺各方面关系。
(三)精简、统一、效能。清理整顿、调整归并行政执法机构，明确其性质、地位和职能，建立和完善体现行政执法特点的机构编制管理制度，强化监督约束机制，提高人员素质和执法水平。
三、试点的基本内容
(一)进一步转变政府部门职能，实现“两个相对分开”。要改变政府部门既管审批又管监督的体制，将制定政策、审查审批等职能与监督检查、实施处罚等职能相对分开。要改变行政执法机构既管查处又管检验的体制，将监督处罚职能与技术检验职能相对分开。将承担技术检测、检验、检疫职能的单位逐步与政府部门脱钩，不再承担行政执法任务，其职责转变为面向全社会，依法独立地为政府部门、行政执法机构和企事业单位提供客观公正的技术检测、检验、检疫服务。
(二)调整合并行政执法机构，实行综合行政执法。要改变多头执法的状况，组建相对独立、集中统一的行政执法机构。要严格控制执法机构膨胀的势头，能够不设的不设，能够合设的合设；一个政府部门下设的多个行政执法机构，原则上归并为一个机构。在此基础上，重点在城市管理、文化市场管理、资源环境管理、农业管理、交通运输管理以及其他适合综合行政执法的领域，合并组建综合行政执法机构。按有关规定，经批准成立的综合行政执法机构，具有行政执法主体资格。
要改变多层执法的状况，按区域设置执法机构并实行属地管理。行政执法机构主要在城市和区、县设置。省、自治区政府各部门不再单独设置行政执法机构；设区的市设置行政执法机构，可根据当地的具体情况和不同行政执法领域，适当选择以市为主或以区为主的模式。
要结合事业单位机构改革，在实施监督处罚与技术检验相对分开的基础上，调整归并技术检测、检验、检疫机构。使用相同或相近技术设备、手段的检测、检验、检疫机构，以及同在一地、任务不饱满的同类检测、检验、检疫机构，要尽量予以合并，以提高设备利用率，集中力量发挥技术优势。
