（五）转制科研机构转制前属于职工奖金、工资储备基金和福利基金的结余，原则上结转转制后的单位，继续用于职工奖金、工资发放和职工福利。经职工代表大会审议通过，也可将其中一部分用于职工的补充养老保险、医疗保险。
（六）转制科研机构的划拨土地使用权，按照
国土资源部《关于改革土地估价结果确认和土地资产处置审批办法的通知》（国土资发〔2001〕44号）的规定，经评估后，可以采取出让、租赁、作价出资（入股）或授权经营等方式处置。对转制科研机构的国有房产处置，可按照此办法办理。
（七）转制科研机构的国有资产出售，要依法、公开、有偿进行。涉及价值较大的国有资产出售，应当采取拍卖等公开竞价方式进行。涉及单位合并、分立、解散、撤销、破产的，其资产处置按照国家有关政策规定办理。
（八）对以政府财政资金资助为主、列入国家科研计划项目的研究成果及所形成的知识产权，转制科研机构应按照《国务院办公厅转发科技部财政部关于国家科研计划项目研究成果知识产权管理若干规定的通知》（国办发〔2002〕30号），确定产权归属，并可按规定在企业改制时作价入股。转制科研机构削减事业费到位后形成的知识产权，应区分情况明确其产权归属。
三、建立规范的产权激励和约束机制
（一）转制科研机构改制后，按照工资总额增长低于税后利润总额增长、职工平均工资增长低于劳动生产率增长的原则，根据有关法规自主决定职工工资标准和分配办法，建立以岗位效益工资为主的基本工资制度，在产权约束机制到位、法人治理结构健全的情况下，逐步取消工资总额控制。
（二）改制科研机构要加大对在技术开发、经营管理、市场开拓及成果转化中起关键作用、有突出贡献者的激励力度。要积极探索实行新产品利润提成、新产品销售收入提成、科技成果入股和建立补充商业保险等多种激励方式，调动科技和经营管理人员的积极性，吸引优秀人才。
（三）转制科研机构改制可对有贡献的职工特别是做出突出贡献的科技人员和经营管理人员实行股权激励，具体办法按照《国务院办公厅转发财政部科技部关于国有高新技术企业开展股权激励试点工作指导意见的通知》（国办发〔2002〕48号）执行。
四、加强国有资产管理
（一）对改制科研机构的国有资产或国有股权，由国家授权投资的机构依法行使出资人职能，享有资产收益、重大决策和选择管理者等权利，承担保值增值责任。在国务院未明确国家授权投资机构的具体政策法规之前，可暂由其所归属的企业集团（公司）或主管部门、机构依法行使出资人职能。
