第六十条 代理银行依据财政部国库支付执行机构的支付指令，将当日实际支付的资金，按一级预算单位分预算科目（款级）汇总，附实际支付清单与国库单一账户进行资金清算。
第六十一条 代理银行根据《财政直接支付凭证》办理资金支付后，开具《财政直接支付入账通知书》（附十）发一级预算单位和基层预算单位，作为一级预算单位和基层预算单位收到和付出相应款项的凭证。一级预算单位有所属二级或多级次预算单位的，由一级预算单位负责向二级或其他级次预算单位提供收到和付出款项的凭证。
第六十二条 预算单位根据收到的支付凭证做好相应会计核算工作；财政部国库支付执行机构根据代理银行的回单，记录各用款单位的支出明细账，并向财政部国库管理机构提供预算内外资金按一级预算单位汇总的付款信息。
第六十三条 财政直接支付的资金，因凭证要素填写错误而在支付之前退票的，由财政部核实原因后通知代理银行办理更正手续；财政直接支付的资金由代理银行支付后，因收款单位的账户名称或账号填写错误等原因而发生资金退回财政部零余额账户的，代理银行在当日（超过清算时间在第二个工作日）将资金退回国库单一账户并通知财政部， 由中国人民银行国库局恢复相应的财政直接支付额度。对需要支付的资金，财政部与有关单位核实后通知代理银行办理支付手续。
第二节 工资支出
第六十四条 工资支出实行财政直接支付方式。财政部向代理银行签发支付指令，代理银行根据支付指令通过财政部零余额账户将工资直接支付到个人工资账户。
第六十五条 工资支出实行财政直接支付的范围是行政单位和事业单位由财政拨款供养的在编人员。
第六十六条 工资支出要严格执行国家规定的工资标准和有关政策。
第六十七条 一级预算单位根据编制部门和人事部门的要求，每月20日前提供下月本单位的人员编制、实有人数、工资标准和代扣款项等数据，报编制部门和人事部门审核。
代扣款项是指国家政策规定必须由个人缴纳的住房公积金、医疗保险、养老保险、失业保险和依法缴纳的个人所得税等款项。国家政策规定之外应由个人缴纳的其他款项不列入代扣项目。
第六十八条 编制部门对一级预算单位的人员编制数进行审核。人事部门根据编制部门核定的编制数、人员和工资计划管理的政策规定审核各单位所报人员和应发工资额，并于每月25日前将审核结果送财政部。
第六十九条 财政部国库支付执行机构根据人事部门核定的各单位在编实有人员及工资额，按照预算科目分类生成发放工资汇总表，计算代扣款项，列出应由财政部发放的工资清单，通知代理银行办理资金支付。
第七十条 代理银行按财政部国库支付执行机构的支付指令，通过财政部零余额账户将工资分解到个人工资账户，并根据所列代扣款项分别将个人所得税、医疗保险、养老保险、失业保险和住房公积金等划入财政部门认定的相关账户；同时，代理银行在工资支付的次日为各单位出具工资明细表，向各单位传送个人工资支付信息。
第七十一条 工资实行财政直接支付的二级及二级以下预算单位，其人员编制、实有人数和工资标准等，由预算单位报上级主管单位人事部门逐级审核汇总，一级预算单位填写《财政直接支付汇总申请书》（附各基层预算单位应由财政发放的工资清单），按规定程序报财政部；财政部审核无误后，签发支付指令，通知代理银行办理有关支付手续。其操作程序比照一级预算单位的工资支付程序办理。
第七十二条 预算执行中，各单位发生增人增资、减人减资、正常工资变动及津补贴变化等情况，一级预算单位要在变动当月20日前将变动情况和变动后的人员工资一并汇总报人事部门审核，人事部门在当月25日前将审核结果送财政部；二级及二级以下预算单位要在变动当月将变动情况和变动后的人员工资一并汇总报上一级主管单位人事部门，经逐级审核汇总后，按规定程序在当月25日前报财政部。财政部及时向代理银行提供变动后的下月工资发放清单。
工资实行财政直接支付过程中，因特殊原因造成部分工资不能在规定时间支付到收款人的，代理银行要在当日将未支付工资的明细情况上报财政部，未支付的工资暂保存在财政部零余额账户；财政部按规定核实后，在每月20日前及时通知代理银行将应支付的工资支付到相应的收款人。代理银行在每月20日与中国人民银行进行资金清算时，将剩余资金退回国库单一账户。
