取消主管税务机关的事先审核权限后，改由纳税人依法自主申报扣除，主管税务机关应加强事后检查。检查中，应对企业或单位资助非关联的科研机构和高等学校的研发费用的有关凭证的合法性和真实性进行认真检查，企业或单位与资助的科研机构和高等学校是否存在关联关系，并对资助款是否用于该机构以及是否用于新产品、新技术、新工艺进行核对，对不符合规定条件的，应作纳税调整，并补征税款。
四、取消业务招待费税前扣除核准权的后续管理
《
中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》第
十四条规定，纳税人发生的与经营有关的业务招待费，由纳税人提供确实记录和单据，经核准准予扣除。
取消核准权后，改为纳税人自主申报扣除，主管税务机关主要对其申报扣除的业务招待费的真实性、合理性进行评估和检查，核实相关凭证是否真实、有效，支出用途是否合理，有无超过规定比例。对凭证不真实、有效，支出用途不合理和超出规定比例的支出，应作纳税调整。
五、取消上交的各类基金税前扣除审核权的后续管理
《
中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》第
十五条规定，纳税人按国家有关规定上交的各类保险基金和统筹基金，经税务机关审核后，在规定的比例内扣除。
取消审核权后，改由纳税人自主申报扣除。主管税务机关应根据国务院、财政部和国家税务总局有关各类基金的政策，加强对企业申报扣除的上交基金的评估和检查，超出国家规定项目和比例的，应作纳税调整。
六、取消城乡信用社固定资产修理费扣除审批权的后续管理
《
国家税务总局关于加强城乡信用社财务管理若干问题的通知》（国税发[1996]128号）规定，城乡信用社固定资产修理费支出，必须实行专项审批的管理办法，报主管税务机关审查批准后才能税前扣除。
取消审批权限后，城乡信用社固定资产修理费支出应统一按照《
企业所得税税前扣除办法》（国税发[2000]84号）第
31条、《
国家税务总局关于金融保险企业所得税若干问题的通知》（国税函[2000]906号）第
6条的规定进行税务处理。主管税务机关应加强对纳税人申报扣除的固定资产修理费的真实性、合理性进行评估和检查。
