三、企业在当月填报的专用发票抵扣数必须是上月收到并经认证的专用发票抵扣联税额汇总数。这些发票应在上月10日至30日内到税务机关认证。如果在当月申报期内认证的，也应是上月收到的发票。认证窗口或纳税申报窗口工作人员在办理纳税人认证时，要注意这一点。
四、对“票表稽核”比对不符问题处理办法通过“票表稽核”发现纳税人申报异常，这是“一窗式”管理的成效。发现异常，要及时查明原因，并视不同情况处理。
（一）关于纳税人操作开票子系统作废不成功，造成申报数据小于防伪税控报税数据的问题，即纳税人当月只对纸质专用发票进行了作废处理，但对开票系统中的电子发票未执行作废操作或操作不成功，从而造成当月申报数据小于防伪税控报税数据。
对于这种情况，税务机关要告诉纳税人如何进行作废操作，以免出现差错。纳税人在填写申报表时，必须自己核对IC卡记录数据，如有作废发票，而又不会对电子发票进行作废操作，申报数小于IC卡数时，在申报时应附上“说明”。纳税人对于因客观原因，出现“两个比对数字”不符时，都应附上“说明”。对于开票系统中发票存根联未执行作废操作或作废不成功的，税务机关应进行登记，并受理纳税申报。次月纳税人按照开具红字专用发票的方式在开票系统中开具负数发票，由此出现当月申报数据大于防伪税控报税数据，税务机关应当与上期所记录的情况进行核对，核对相符后受理纳税申报；核对不符的退回纳税人调整相符后重报。
（二）关于纳税人结帐日与防伪税控开票子系统报税区间不符，造成报税数据与申报数据不符问题。企业结帐日必须按《
企业财务会计报告条例》规定确定。在受理申报时发现不符的纳税人，税务机关应责令其在下月申报时必须改正。在下月办理其申报纳税时，如果又发现因这个问题造成比对不符，应将纳税申报退回纳税人，责令其按照规定的结帐日调整销项税额后重新进行纳税申报，并要按《征管法》的有关规定进行处罚。
（三）对于“票表稽核”不符的“异常”申报，在法定纳税申报期限内能够修改完成的，可以由纳税人修改后重新申报。在法定纳税申报期限内来不及修改完成的（如月上旬最后1、2天来申报的），可先行受理其纳税申报，同时责令其限期将差额部分补报。对因此而导致逾期申报的，凡有正当理由的，税务机关可不予处罚。
五、为了金税工程增值税征管信息系统运行的安全，总局已多次发文通知各级税务机关不得擅自开发与金税工程增值税征管信息系统有关的软件，尤其是不得擅自开发网上抄报税软件，凡已开发的必须停止开发，但目前仍有少数地方的税务机关尚未停止开发网上抄报税软件。总局再次重申这一规定，要求凡开发网上抄报税软件的地方必须立即停止开发，已开发并投入使用的必须立即停止使用。对于在接到本通知后仍开发网上抄报税软件和继续使用此类软件的税务机关，总局将追究责任，严肃处理。
