（一）因企业硬盘损坏等原因造成软盘中专用发票存根联份数小于IC卡的，必须要求企业提供当月全部专用发票存根联（或其它联，下同），通过认证子系统进行扫描补录，并经过报税子系统中的“非常规报税／存根联补录补报”采集。
（二）因企业更换金税卡等原因造成软盘中专用发票存根联份数大于IC卡（不含IC卡为零的情况）的，其软盘中所含专用发票存根联明细数据可经过“非常规报税／软盘补报”采集，但当月必须查明产生此种不一致情况的原因并采取措施解决。
（三）因企业计算机型号不匹配造成IC卡中专用发票存根联数据为零的，根据系统提示，其软盘数据存入报税子系统或要求企业持专用发票存根联到征收机关通过认证子系统进行扫描补录，并经过报税子系统中的“非常规报税／存根联补录补报”采集。
（四）征收机关因企业软盘质量问题致使无法采集专用发票存根联数据的，必须要求企业重新报送软盘。
第五条 征收机关对使用Windows版开票子系统的企业因更换金税卡或硬盘损坏等原因，不能报税的，区别不同情况处理：
（一）因企业更换金税卡等原因造成企业实际开具专用发票存根联份数大于IC卡的，应要求企业提供当月全部专用发票存根联，通过认证子系统进行扫描补录，并经过报税子系统的“非常规报税／存根联补录补报”采集；如扫描补录有困难的，可以通过企业开票子系统传出报税软盘，并经过报税子系统的“非常规报税／软盘补报”采集。
（二）因企业硬盘、金税卡同时损坏等原因不能报税的，必须要求企业提供当月全部专用发票存根联，通过认证子系统进行扫描补录，并经过报税子系统的“非常规报税／存根联补录补报”采集。
第六条 纳税申报期结束后，征收机关必须运用报税子系统查询未申报企业，并要求其限期报税，以便采集专用发票存根联数据。
在专用发票存根联数据传入稽核系统前，对逾期来报税的企业，可经过报税子系统中的“非常规报税／逾期报税”采集。
第七条 征收机关对上月漏采的专用发票存根联数据，必须经过“非常规报税／逾期报税”采集。
第八条 对注销或取消增值税一般纳税人资格的企业当月开具的专用发票存根联数据，必须经过“非常规报税／注销一般纳税人资格企业报税”采集。
第九条 征收机关应及时从地市级税务机关服务器下载企业申报的专用发票存根联数据并打印《增值税专用发票存根联采集情况统计表》；于每月13日前（遇节假日、公休日按规定顺延，下同）将专用发票存根联明细数据和《增值税专用发票存根联采集情况统计表》数据核对无误后报告区县级税务机关。
