4．总体推进、重点突破。根据东线工程治污工作的特点和调水工程通水的水质要求，要按照区域内各城镇对输水干线水质影响程度和范围的不同，结合南水北调东线工程建设进度要求，划定重点治污区域和控制单元，优先实施重点区域治污项目，确保治污目标按期实现。
5．落实地方行政首长负责制。治污的责任主体是地方人民政府。要以控制单元为基础，确定输水干线水质目标与治理措施，落实地方行政首长负责制。地方各级人民政府应按照《规划》的要求，制订本行政区域内各控制单元的实施方案，并纳入地方国民经济和社会发展年度计划。实行行政一把手亲自抓、负总责，逐级签订目标责任书，确保各项治污措施的落实。
二、实施目标
（一）总体目标
2007年实现东线第一期工程输水干线水质全线达到地表水Ⅲ类水质标准。江苏省进入输水干渠的化学需氧量控制在2万吨以内，氨氮量控制在0.1万吨以内；山东省进入输水干渠化学需氧量控制在4.3万吨以内，氨氮量控制在0.43万吨以内。
（二）阶段目标
2005年黄河以南段输水干线基本达到地表水Ⅲ类水质标准。江苏省境内及出省水质达到地表水Ⅲ类水质标准，山东省南四湖、东平湖水体水质基本达到地表水Ⅲ类水质标准。2007年黄河以南段水质稳定达到地表水Ⅲ类水质标准，输水干线全线达到地表水Ⅲ类水质标准。
三、实施进度和重点
治污工作将围绕《规划》确定的41个控制单元展开。2003年至2007年的实施进度和重点是：
2003年至2005年，主要实施黄河以南段清水廊道工程项目，重点解决江苏省扬州水源区和徐州地区、山东省南四湖区域和东平湖区域的污染问题，确保2005年南四湖和东平湖水体水质基本达到地表水Ⅲ类水质标准。2003年治污的重点是江苏不牢河、山东大汶河和城郭河，2004年和2005年治污的重点是南四湖区域、东平湖、骆马湖到南四湖区域及长江到骆马湖区域。
2006年至2007年，在巩固黄河以南段治污成果，实施江苏槐泗河、山东小清河用水保障工程，完成黄河以北段位临运河山东段、小运河――七一河――六五河、卫运河山东段、南运河山东段等治污工程，全面实现清水廊道。
四、治污项目审批程序和具体分工
治污项目按年基本建设或技术改造程序报批。具体分工如下：
