（一）由环保总局会同国务院有关部门根据东线工程治污工作总体目标和阶段目标的要求，在充分考虑水域纳污能力和限制排污总量的基础上，提出各控制单元的水质、排污总量、实施顺序，时限和工艺要求。
（二）由江苏、山东省计委牵头组织地方有关部门按照实施顺序编报控制单元治污实施方案，发展改革委会同国务院有关部门提出审查意见后，由两省人民政府批准实施。实施方案的主要内容包括：《规划》对本单元的要求；本单元水质、排污总量、项目和投资方案；申报项目的技术指标及在本单元实施方案中的作用；工程进度及分年度投资安排；地方政府保障措施和地方行政首长目标责任及责任人等。
（三）由江苏、山东省计委根据批准的控制单元治污实施方案，按基本建设程序，组织地方有关部门开展项目的前期准备工作，并编报年度投资计划。
（四）由江苏、山东省人民政府与南水北调办签定治污目标责任书，各控制单元所在的地级人民政府与省人民政府签定治污目标责任书，明确各自在实施控制单元治污方案中的责任和义务。
五、资金来源
（一）对未做到达标排放的工业企业，按照“谁污染、谁治理，污染者付费”的原则，治污资金由企业自筹解决；对已经做到达标排放仍需进一步治理的工业企业，国家给予治理污染的补助。
（二）截污导流项目资金，列入调水工程投资。
（三）城市污水处理及再生利用项目和流域综合整治项目资金，从城市污水处理费、南水北调工程基金、银行贷款或地方自筹等多个渠道筹措。
六、职责分工
江苏、山东省人民政府负责组织实施本行政区域内的治污项目；组织编制控制单元治污实施方案；制订产业结构调整和清洁生产实施方案；对本行政区域治污工作及调水水质负责，制订年度实施计划和总量削减计划；落实目标责任制，明确责任人，分年度对各地级人民政府治污工作（配套资金、项目进展、总量削减、防治目标及水质状况）进行考核，并将考核结果报南水北调办及国务院有关部门备案。
在南水北调办的协调下，国务院有关部门按照各自职责，各司其职，各负其责，团结协作。发展改革委负责组织国务院有关部门审查区域治污实施方案，并将南水北调东线工程治污工作纳入年度国民经济和社会发展计划；督促并指导地方产业结构调整、企业技术改造和清洁生产计划的实施；加强对项目前期工作的指导和督促，会同财政部落实国家补助投资的资金来源。环保总局负责对东线工程治污工作实施统一监督管理, 建立环境监测制度,制定环境监测规范，会同国务院有关部门，组织环境监测网络，发布环境质量状况，提出控制单元水质、总量、实施顺序、时限和工艺要求；负责监督并指导地方治污工作；协调解决重大环境问题。建设部负责指导并监督地方城镇污水处理及再生利用设施（含配套管网）的计划、建设和运营；加快适用技术的推广应用；参与指导污水处理工程与截污导流的衔接工作；建立污水处理设施建设和运营成本的约束机制。水利部负责指导并监督流域水土保持和小流域综合治理等计划的制订和实施；参与环境监测网络，核定水域纳污能力，提出限制排污总量意见；负责截污导流项目的前期工作；加强水闸调度，建立水量、水质协调机制。监察部负责对地方人民政府及有关部门落实治污任务和目标完成情况进行监督检查。
