(四)建设管理司。
协调、指导和监督、检查南水北调工程的建设工作；监督管理工程建设监理和工程质量；组织协调工程建设中的重大技术问题；组织管理南水北调工程建设科研工作，拟订南水北调工程建设特殊的规章制度、技术标准。
(五)环境与移民司。
承办协调落实“先节水后调水，先治污后通水，先环保后用水”原则的有关措施的具体工作；指导、协调和监督南水北调工程移民安置规划的实施；研究拟订南水北调工程有关移民政策；参与审核南水北调治污工程、移民工程项目建议书、可行性研究报告；参与编制治污工程、移民安置年度计划并对执行情况进行监督检查；参与协调工程项目区环境保护和生态建设工作；协调南水北调工程调水区、受水区水资源、生态环境和水土流失监测工作；协调移民工作中的重大问题；参与指导、监督工程影响区文物保护工作。
(六)监督司。
组织南水北调枢纽和干线工程、治污工程及移民工程的监督检查和经常性稽察，提出监督检查报告，督促监督检查整改意见的落实；承办南水北调工程阶段性验收的组织协调工作及竣工验收的准备工作。
机关党委。负责机关及在京直属单位的党群工作，办事机构设在综合司。
三、人员编制
国务院南水北调工程建设委员会办公室机关行政编制为70名。其中：主任1名，副主任4名；司局级领导职数21名(含总工程师、总经济师和机关党委专职副书记各1名)。
四、其他事项
(一)国务院南水北调工程建设委员会办公室对南水北调工程质量、建设进度、资金安全等方面进行全过程监督和经常性稽察，全面承担工程监督职责；国家发展和改革委员会按照有关规定派出国家重大建设项目稽察特派员，对南水北调工程项目进行外部稽察。国务院南水北调工程建设委员会办公室和国家重大建设项目稽察特派员在监督检查和稽察中发现问题涉及国务院其他部门和有关地方人民政府职责权限的，移交有关部门和有关地方人民政府处理。
(二)国务院南水北调工程建设委员会办公室与水利部的关系是：南水北调工程建设期的工程建设行政管理职能由国务院南水北调工程建设委员会办公室承担，南水北调工程的前期工作和工程建成后运行的行政管理职能由水利部承担。
(三)国务院南水北调工程建设委员会办公室机关及直属事业单位经费实行部门预算管理，机关后勤及离退休人员事务由国务院机关事务管理局管理，具体工作由水利部承担。
