（三）后期绩效评价主要对项目的创新性、科学价值及其经济和社会效益作出综合评价。
第二十九条 自由探索性基础研究项目评价应以保障科学研究自由，鼓励科学探索和原始性创新为导向，注重对科学价值和人才培养的评价。
（一）评价专家主要从熟悉本学科或相关学科前沿发展、学术眼光敏锐并具有一定研究基础的专家中遴选产生。
（二）立项评审应采用同行评议的方法，重点从项目的创新性、研究价值、目标设定、研究方案等方面作出评价，不过分强调项目的预期成果等。
（三）应将立项评审作为评价工作重点，一般不组织专门的中期评估和结题验收，但应当提交项目年度进展报告和结题报告。
对探索性强或具有明显创新性的“非共识”研究项目，应重点评价被评价方的创新能力与潜力、学术水平及科学严谨性。对争议或分歧较大的，应当将评价专家署名的不同评价意见和被评价方的申辩理由一并提交委托方审定。应加强对此类项目的管理和后期绩效评价，重点评价成果产出的质量和对原始性创新的贡献及潜在价值。
第三十条 应用研究项目评价应紧密结合经济建设和社会发展的需求，以技术推动和市场牵引为导向，以技术理论、关键技术和核心高技术的创新与集成水平、自主知识产权的产出、潜在的经济效益、社会效益等要素为评价重点。
（一）评价专家主要从科学技术专家、管理专家、经济学家、企业技术负责人和潜在用户代表中遴选产生。
（二）立项评审应重点从研究目标和内容的重要性与必要性、技术的创新性与实用性、研究方案的可行性、技术实力与研究基础、预期应用前景等方面作出评价；中期评估和结题验收重点评价项目合同或任务书所确立的目标实现情况和潜在的应用价值。
（三）重大应用研究项目的后期绩效评价主要从技术的创新与集成水平、关键技术的突破与掌握、自主知识产权的产出、技术标准研制、经济和社会效益等方面作出综合评价。侧重于应用基础研究的项目还应考察学术论文的质量。
第三十一条 科学技术产业化项目评价以建立企业为主体的科学技术成果转化与产业化机制，发展高新技术产业，优化调整产业结构为导向，以培育具有自主创新能力的高新技术企业为评价重点。
（一）评价专家应从科学技术专家、经济学家、管理专家、企业家以及用户代表中遴选产生。
（二）重大科学技术产业化项目评价应当委托专业评价机构进行全程评价。根据需要，评价结果可以提供给其他投资方。
（三）立项评审应根据国家发展战略和产业政策要求，建立评价指标体系，重点从带动产业技术升级、引导新兴产业形成和促进社会可持续发展，或与国家重大工程建设的配套集成等方面作出评价；中期评估、结题验收应根据项目合同或任务书的要求，对合同目标和考核指标的实现情况作出评价。
