（一）由征收、管理部门移送以下资料：专用发票复印件、《认证结果通知书》、电子数据（软盘数据）。由征收、管理部门负责填写《防伪税控认证不符和密文有误增值税专用发票协查处理台帐》。
（二）组织协查岗位（委托管理岗位）对电子数据（软盘数据）进行杀毒处理后，将专用发票复印件与之进行核对。核对无误的，将数据读入协查系统，并通过系统内“纳税人信息补齐功能”，自动补齐纳税人相关信息，不能自动补齐的，通过协查修改功能手工补齐；核对有误的，应当将电子数据（软盘数据）退回征收、管理部门重新制作。
第七条 地（市）级委托管理岗位于每月17日、省级组织协查岗位于每月19日、总局组织协查岗位于每月21日，从同级稽核系统导入比对不符、缺联、失控、作废等专用发票信息，生成协查信息。
第八条 稽查局、征收部门、管理部门、出口退税管理部门等根据工作需要要求发起内部生成委托协查，协查信息按提出协查要求部门分别进行统计分析。
（一）内部生成委托协查的专用发票主要包括：
1．各地发生涉税案件的有疑问专用发票；
2．出口供货企业开具的有疑问专用发票；
3．增值税一般纳税人管理中发现的有疑问专用发票；
4．能够确定受托方的丢失被盗专用发票；
5．其他需要异地协查的专用发票。
（二）对内部生成委托协查，各提出协查要求的部门应当填写《专用发票协查表》，说明提出协查的理由，提出具体的协查要求，由该部门负责人审批后，连同专用发票复印件或有关资料移交稽查局的组织协查岗位（委托管理岗位）。组织协查岗位（委托管理岗位）接收后应当分部门填写《协查系统内部生成委托协查处理台帐》，在1个工作日内录入协查系统。
（三）对“已证实虚开”的专用发票，应当由实施检查部门提供《已证实虚开的增值税专用发票通知单》、专用发票复印件或专用发票明细资料、稽查案件协查基本信息和税务协查报告，经部门负责人审批后，将有关资料移交稽查局的组织协查岗位（委托管理岗位）。组织协查岗位（委托管理岗位）接收后填写《协查系统内部生成委托协查处理台帐》，将查处和掌握的情况以“附件”形式，连同完整的专用发票信息在1个工作日内录入协查系统。
（四）对案情复杂的大要案，由本级稽查局负责人审批后，在3个工作日内录入协查系统。
