搞好源头控制和市场监管，是确保农业用种质量的关键环节。为了从源头搞好质量控制，农业部已经组织有关单位，对杂交水稻和杂交玉米的主要制种单位所生产的种子进行质量抽查，4月份公布抽查结果，对质量不符合国家标准的种子，要求其不得进入市场销售。
针对去年玉米和棉花种子生产、收获季节遭遇灾害，影响种子发芽率的情况，各级农业行政主管部门要加强对零售市场种子质量的监督，尤其要在春季供种季节组织开展以发芽率为重点的种子质量抽查，确保市场供应的种子发芽率不低于国家标准。对非法销售达不到国家质量标准种子的，要严格依法查处。
对于确因自然灾害等不可抗力，合格种子不能满足农业生产所需，而必须供应低于国家标准的种子的，由当地农业行政主管部门在组织调剂和科学论证的基础上，及时报请县级以上人民政府批准，并指导供种单位以种子标签、书面说明等方式明确告知种子真实质量，提示种子使用者采取相应的栽培措施，认真做好使用指导和跟踪服务工作。
二、规范整顿种子市场秩序
各级农业行政主管部门要加强对种子市场的监督检查。重点检查本辖区内种子生产经营单位依法申领许可证、登记、备案情况，经营档案的建立和健全情况，经营种子的加工、包装、标签及标签所标注内容、形式的合格情况，经营的主要农作物种子和转基因植物种子的品种审定情况，转基因植物种子广告经过农业部审查的情况等。
农业部于春季2～3月份和秋季8～9月份采取上下联动，自查与抽查相结合的办法，在全国集中开展种子市场检查活动。各地先行自查，省（区、市）组织联查，农业部组织抽查。要突出重点，县级检查重点是代销种子和销售不再分装包装种子的单位，地级以上农业行政主管部门检查重点是本级和上级农业行政主管部门发放许可证的企业；种子产品春季重点检查杂交玉米、杂交水稻和棉花种子，秋季重点检查小麦、油菜和蔬菜种子。
要做到点面结合，各县要做到普查，经营单位要全部检查，市场上销售的种子产品要检查50％以上，其中杂交玉米、杂交水稻、棉花种子产品要全部检查；各省抽查种子企业要达到30％、种子产品20％以上，其中要把农业行政主管部门所属的种子企业作为抽查重点，杂交玉米、杂交水稻、棉花种子产品要抽查30％以上。农业部在春季组织暗访抽查，重点是近年来种子案件多发地区和发放许可证的种子生产经营企业。
三、严肃查处大案要案
各级农业行政主管部门要充分发挥职能监管作用，通过市场检查、设立举报投诉电话等手段，坚决打击制售假劣种子行为。要重视抓源头、端窝点、打惯犯，集中力量查办大案要案，要特别关注种子案件多发惯发的地区。
各级农业行政主管部门要逐级建立和完善种子打假目标责任制，管理好本辖区内的种子生产、经营企业，防止发生恶性坑农害农事件。认真落实重大种子案件上报制度，上级部门对下级部门查处种子案件要加强监督和指导。要规范执法行为，立案、调查、结案制定规范程序，严格依法办事，建立案件卷宗制度。要建立和强化重大假冒种子案件通报制度，加强地区间联合行动的工作力度，保证案件查处工作的顺利进行。
各级农业行政主管部门要与工商、公安等部门密切配合，发挥各自优势，形成执法合力。要加大对制售假劣种子的惩处力度，构成犯罪的，要及时依法移送司法机关，严禁以罚代刑。对于跨省区的大案、要案及久拖不决的案件，由农业部司局级领导牵头，有关单位参加，组成督查组，跟踪督导查处工作。
