(三)自行组织与联合组织相结合。为贯彻落实《
会计法》的有关规定，切实避免重复检查，形成合力，各地专员办、省级财政部门可以联合组织开展会计信息质量检查，也可以会同审计、证监会、国资委等监管部门开展联合检查。
(四)会计信息质量检查与财政管理相结合。财政部门要将会计信息质量检查寓于财政管理监督检查之中，促使会计信息质量检查与财政管理和财政监督的有机结合。财政部门在组织对企业单位会计信息质量检查时，要对其执行国家财税政策等情况进行检查；在组织对行政事业单位会计信息质量检查时，要对其预算编制和执行、‘收支两条线’管理及财政资金有效性等情况进行检查。通过检查暴露问题，并提出完善财政改革、加强财政管理、提高财政资金使用效益的意见和建议。
(五)手工检查和计算机检查相结合。财政部门要适应‘金财工程’要求，加快推行计算机检查方式，将计算机检查作为手工检查的重要辅助手段，提高会计信息质量检查的质量和效率。财政部将统一规划，组织人员研究有关会计信息质量检查专用软件。各地要逐步建立财政部门之间、监管部门之间、财政部门与监管对象之间的信息网络联系，提高检查的信息化水平。
五、建立检查质量保障机制
财政部门要切实强化检查风险意识，规范会计信息质量检查体系，建立检查质量保障机制。
(一)加强检查风险意识教育，切实提高全体财政检查人员对检查风险的认识，自觉做到依法行政。
(二)完善内部控制制度坚持检查、审理、处理相分离原则，制定具体的检查程序和工作要求并严格执行，确保工作质量。
(三)建立培训制度。加强对会计、审计以及依法行政方面的业务培训，提高检查人员的检查技能和综合业务素质。
(四)加强对检查的组织指导。要建立检查工作组织协调机制，负责对会计信息质量检查全过程的组织、指导、协调工作，及时解决检查中存在的问题，确保检查工作顺利进行。
(五)强化对检查质量的监督。要加强对检查人员工作质量的监督和考核，提高检查质量。财政部将结合对专员办的执法质量监督，定期或不定期对各地专员办的会计信息质量检查工作质量进行抽查，主要对专员办贯彻执行《会计信息质量检查具体规则》及其他相关规定的情况进行检查，并根据发现的线索对专员办检查过的单位进行适当的延伸检查，发现检查程序不规范、越权行事、执法不严、行政行为违法等问题进行严肃处理。
