三、依法申请和审批行政许可收费。从2004年7月1日起，中央部门和单位申请设立行政许可收费项目必须具有法律、行政法规依据，并按照《财政部关于统一归口管理中央部门和单位的行政事业性收费和政府性基金等问题的通知》（财综字〔1999〕103号）规定，以部（委、局）级公文形式向财政部、国家发展改革委提出书面申请，由财政部会同国家发展改革委依法审批。中央部门和单位申请设立行政许可收费项目文件应当包括：收费项目名称、收费理由、收费目的、收费对象、收费范围、收费标准、征收机关、征收方式、资金管理，以及收费单位的性质、人员、经费来源状况和财务管理体制等内容。同时，还应当提交有关行政许可收费的法律、行政法规依据。中央部门和单位申请设立行政许可收费项目没有法律、行政法规依据的，一律不要向财政部、国家发展改革委报送申请设立行政许可收费项目的文件。否则，财政部、国家发展改革委将不予受理或者不予批准收费。
各省、自治区、直辖市财政部门要会同同级价格主管部门，严格按照
《行政许可法》的有关规定审批行政许可收费项目。其中，除法律、行政法规另有规定外，凡是行政机关实施行政许可和对行政许可事项进行监督检查的，一律不得批准收费；凡是行政机关提供行政许可申请书格式文本的，一律不得批准收费。
四、规范行政许可收费管理。财政部和各省、自治区、直辖市财政部门会同同级价格主管部门依据法律、行政法规规定审批行政许可收费后，行政机关应当按照批准的项目和规定的标准收费，并按照财务隶属关系分别使用财政部和省、自治区、直辖市财政部门统一印制的票据。未经财政部和各省、自治区、直辖市财政部门会同同级价格主管部门批准，行政机关不得变更收费项目、扩大收费范围、改变收费对象、减（免、缓）征收费收入。行政机关的行政许可收费收入，要严格按照财政部门规定上缴国库，纳入财政预算，实行“收支两条线”管理。任何机关或者个人不得以任何形式截留、挪用、私分或者变相私分行政许可收费收入。
五、保障行政许可经费供给。依据法律、行政法规规定并报经批准的行政许可收费，属于政府非税收入，纳入财政预算统筹安排，与实施行政许可的行政机关利益实行彻底脱钩。按照
《行政许可法》的规定，行政机关实施行政许可所需经费，列入行政机关部门预算，由同级财政予以保障，并由同级财政部门按照批准的预算予以核拨。各级财政部门要在加强行政许可收费“收支两条线”管理的同时，切实保障同级行政机关实施行政许可所需经费，除按照批准的预算核拨经费外，不得以其他任何形式向行政机关返还或者变相返还实施行政许可所收取的费用。
