对于国税局、地税局在地市级同级交换信息的情况，每月22日前，由地方税务局将汇总的货物运输发票清单的信息传递给国家税务局。
对于国税局、地税局在省级同级交换信息的情况，每月22日前，由地方税务局将汇总的货物运输发票清单的信息传递给国家税务局。
2．国税局数据上传
区县级国家税务局将地方税务局传来的货物运输发票汇总清单和汇总的增值税运输发票抵扣清单在当月22日前直接上传至省级国家税务局，并将该区县级税务局名称和上传时间等信息报地市级国家税务局备查。
对于国税局、地税局在地市级交换信息的情况，地市级国家税务局将地方税务局传来的货物运输发票汇总清单和汇总的增值税运输发票抵扣清单在当月22日前上传至省级国家税务局。
省级国家税务局于每月23日开始对各地上传数据进行提取、清分，并将跨省增值税运输发票抵扣清单和货物运输发票汇总清单数据上传总局。
(三)省级国家税务局和总局进行比对
省级国家税务局每月进行本省发票的比对。总局每月进行全国发票信息的比对。
(四)比对结果处理
总局比对结果相符和不符的发票信息，按照上传路径回传到相应的省级国税局(具体传输规则另行制订)。
各省级国家税务局在省级存储的申请抵扣的运输发票的比对结果(包括总局下发的比对相符和不符的发票信息)，各单位可以按照权限查询或下载。凡属比对不符的，由主管国税局追回抵扣税款。凡接收地税局发票信息的省、市、县级国税局均应将相应的信息用递送软盘或网络传输方式回传到相应的地税局。
在总局比对结果不符的发票信息，由总局稽查局查处。省内比对结果不符的申请抵扣的发票信息由省级国税局稽查局查处；同时省级国家税务局将不符申请报税的发票信息传递给省级地方税务局，由省级地税局稽查局查处。
(五)为便于各地抓好落实工作，对上述各环节各部门的工作任务进行了归纳整理，制订了《货物运输发票管理流程工作一览表》(见附表)。
二、发票信息采集
在运输发票信息的采集、传输、比对的流程中，采集是整个流程的开始。信息采集的数据质量直接关系到整个运输发票管理工作的质量，同时由于信息的采集还涉及到对纳税人的要求，因此，运输发票数据采集工作必须要在加强管理的基础上，借助信息化手段，并针对不同的情况采用不同的采集方式才能达到加强管理的目的，为后期的传输、比对处理做好准备。各国税局、地税局主管税务机关应辅导并督促纳税人按照总局相关办法的规定如实填写相关表证单书。
