对于运输发票的开具方和抵扣方的数据采集，总局提供货物运输发票信息录入软件。各地可以在总局技术支持网站(http：//130.9.1.248)和总局因特网站(http：//chinatax.gov.cn)下载使用。
信息采集主要分为如下两类：
(一)货物运输发票汇总清单信息采集
该信息由货物运输发票开具方完成信息采集工作，依据不同的开具方式分为如下三种。
1．自开票的公路、内河货物运输业纳税人
纳税人应根据开具的相关运输发票逐票填写《自开票纳税人货物运输业发票汇总清单》，同时使用“货物运输发票信息采集软件(自开票企业版)”将清单信息逐条采集到系统中并生成清单的电子信息。在进行营业税纳税申报时随同相关报表一并报送。
2．由主管地方税务局代开票的公路、内河货物运输业纳税人
主管地方税务局应根据代为开具的相关运输发票逐票填写《地税局代开货物运输业发票汇总清单》，同时使用“货物运输发票信息采集软件(地税局版)”将清单信息逐条采集到系统中并生成清单的电子信息。
3．由中介机构代开票的公路、内河货物运输业纳税人
代开票中介机构应根据代为开具的相关运输发票逐票填写《代开票中介货物运输业发票汇总清单》，同时使用“货物运输发票信息采集软件(地税中介版)”将清单信息逐条采集到系统中并生成清单的电子信息，报送至主管地方税务局。
(二)增值税运输发票抵扣清单信息采集
取得货物运输发票的增值税一般纳税人应完成信息采集工作，依据不同的采集对象分为如下两种。
1．增值税一般纳税人取得所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票，应根据相关运输发票逐票填写《增值税运输发票抵扣清单》，同时使用“货物运输发票信息采集软件(一般纳税人版)”将清单信息逐条采集到系统中并生成清单的电子信息，在进行增值税纳税申报时随同相关报表一并报送。
2．由中介机构代理的增值税一般纳税人取得所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票，受托中介机构应根据相关运输发票逐票填写《增值税运输发票抵扣清单》。同时使用“货物运输发票信息采集软件(国税中介版)”将清单信息逐条采集到系统中并生成清单的电子信息。增值税一般纳税人在进行增值税纳税申报时随同相关报表一并报送。
三、发票信息传输
在地方税务局采集的货物运输发票清单信息的传输路径为：主管地方税务局——同级国家税务局——省级国家税务局(清分比对后)——总局；在国家税务局采集的增值税运输发票抵扣清单信息的传输路径为：主管国家税务局——省级国家税务局(清分比对后)——总局。其中，国家税务局在接收到货物运输发票清单信息后应和增值税运输发票抵扣清单信息一起向省级传输，直至总局。区县级国家税务局除向省级国家税务局传递信息外，同时向地方级国税局报送上传税务机关名称和上传时间等信息。
