巢湖流域水污染防治主要责任在地方政府，要落实地方行政领导负责制。各级政府应按照《巢湖计划》的要求，制定辖区年度实施方案，纳入当地国民经济和社会发展年度计划组织实施，实行党政一把手亲自抓、负总责，逐级签订责任书。
三、实施目标
1、总体目标
到2005年底前，巢湖水质有所改善，主要出入湖河道水质接近或达到地表水Ⅲ类；巢湖流域最大允许污染物排放量控制在TP1072吨/年、TN11351吨/年、CODCr59148吨/年；2005年生态保护目标控制在水土流失率12%、森林覆盖率25%、自然保护区占国土面积的7.36%、化肥用量18.8万吨、农药用量2574万吨。
2、阶段性目标
距离《巢湖计划》目标的实现期限仅剩下两年多的时间，治污工作年度目标如下：
(1)2003年目标
加快重点控制区内项目建设，有效削减入湖污染物总量。
(2)2004年目标
开展一般控制区内项目，削减入湖河流污染负荷，改善河道水质，进一步降低入湖污染物总量。
(3)2005年目标
《巢湖计划》全面实现，巢湖湖体水质有所改善，局部提高，主要出入湖河道水质接近或达到地表水Ⅲ类。
四、实施计划
2003年，重点为城市污水处理厂建设、工业清洁生产、清淤工程实施及化肥农药使用现况的改善。具体包括合肥市东风化工厂、江淮化工厂、芳草日用股份公司技术改造，合肥污水处理厂二期、合肥望塘、肥东、肥西、三河、巢湖市、柘皋等污水处理厂建设，合肥、肥东、肥西、巢湖市、柘皋等城镇垃圾无害化处置，肥东、肥西水土流失控制，巢湖沿岸综合治理、土岸崩塌防治，农村及农田生态环境保护、农田化肥农药污染削减，环湖路堤、环湖下水道、环湖绿化带建设，生物多样性恢复，柘皋河、又桥河、南淝河与派河入湖口两侧水面的湿地保护，合肥及巢湖市饮用水源地、南淝河航道底泥疏浚，合肥市、六安市、肥东县、肥西县、舒城县、巢湖市、庐江县环境监测站建设。
2004年，重点工作为城市污水处理厂建设、小流域综合整治、农业生态环境保护、河道整治及水利调控。具体包括舒城、六安、庐江、无为等污水处理厂建设，巢湖湖腚干化厂、和县华星化工公司、含山县精细化工厂技术改造，庐江、无为等地区及杭埠河、丰乐河上游山丘区水土流失治理，农村及农田、山地生态环境保护及农药污染控制，引长江水入湖水利配套工程的实施。
