1. 原料与加工需求矛盾突出，制约着加工业的大发展
一是农产品品质不能满足加工需要，缺乏农产品加工业发展需要的专用、优质原料。二是原料生产分散，规模化、标准化程度低，使农产品加工企业的发展规模受到影响。三是农产品加工企业与农户之间利益联结机制不完善，履行合同的信用程度差，农产品加工业发展缺乏稳定可靠的原料基地保障。
2. 科技基础薄弱，企业创新发展的后劲不足
目前，我国农产品加工企业的设备和技术，80%处于世界70～80年代的水平，约15%居90年代水平，只有5%左右达到目前国际先进水平。许多农产品加工企业规模较小，设备简陋，有的甚至还停留在手工作坊式的生产阶段，劳动生产率低下。多数企业缺乏产品自主开发能力，新工艺、新材料、新技术的应用程度低。在技术引进过程中重视硬件，忽视软件，配套性差，自我创新不够，影响了国产化程度的提高。企业技术人才缺乏，在全国食品加工企业职工中，大中专毕业生只占1.5%左右。
3. 投资不足，影响着加工业整体水平的提高
长期以来，我国农业及农产品加工业的投资不足。“九五”期间，我国农产品加工业固定资产投资1167亿元，仅占全社会固定资产投资的2.1%；食品工业固定资产投资571亿元，占工业固定资产投资的2.8%，远远低于美国、日本等发达国家。另外，在财政、信贷、税收等方面优惠政策不足，缺乏强有力的宏观调控手段，影响了社会资本投入农产品加工业的热情。
4. 宏观调控乏力，企业布局和规模结构不尽合理
农产品加工企业缺乏必要的宏观指导和信息服务，一些产品结构滞后于市场需求和消费结构的变化。有些行业在低水平上盲目扩张，高档产品生产能力不足，低档产品生产能力过剩。在布局上，70%以上的农产品加工企业集中在东南沿海地区，拥有原料和市场优势的中西部地区农产品加工企业很少；乡镇企业接近原料产地，与农业关系密切，但是以农产品为原料的乡镇企业工业增加值只占其工业增加值的不到三分之一。
5．管理混乱，农产品及其加工产品质量安全问题突出
我国农产品加工业从原料生产到加工过程管理分散，尚未形成完整有效的管理体系，产品质量和安全问题十分突出。农兽药残留、土壤重金属污染、畜禽疫病、使用违法禁用药物、添加剂等问题，严重影响了产品质量和消费的安全，也是我国有价格竞争优势的产品在国际市场上缺乏竞争力的主要障碍。
二、农产品加工业发展的战略意义
当前，我国农产品加工业发展面临着良好的机遇和前所未有的挑战，抓住机遇，大力发展农产品加工业具有重要的现实意义和深远的战略意义。
（一）农产品加工业是拉动国民经济发展的重要产业
我国人口众多，城乡居民生活已稳定越过温饱线并向小康迈进，食物消费结构正向着要求安全卫生、营养保健、经济方便、风味适口、增强身体素质、提高生活质量转变。发展农产品加工业可以满足不断变化的市场需求，进而拉动整个国民经济的发展。
（二）农产品加工业是农业结构调整的重要带动力量
现代农产品加工业不仅仅是农业生产的简单延伸，已成为一种“从田头到餐桌”的完整产业。农产品加工业将向农业提出生产各种专用型原料的需求，从而带动农业结构的调整与优化。
（三）农产品加工业是增加农民收入的有效途径
农产品加工业是农业产业链的延伸，提高农产品的加工深度，可以较大幅度地提高农产品的附加值，从而为提高农业的综合效益，为增加农民收入开辟新的有效途径。近年来，以农产品加工业为主的龙头企业的发展，通过“公司＋基地＋农户”等模式，与农民的利益紧密结合，形成了“风险共担、利益共享”的机制，为农民增收提供了保障。
（四）农产品加工业是提高农业国际竞争力的有力措施
