2003年申报材料于9月底以前上报（附表数据截止到8月底），以后年度应于每年3月底以前上报（附表数据截止到上年末）。
（二）材料审核
申请材料在上报财政部、卫生部之前应经财政部驻本省（区、市）财政监察专员办事处初审。卫生部、财政部对各地申报材料进行书面审核，同时采取其他必要方法进行核查。上报材料的真实程度将作为核定各省（区、市）补助资金的依据之一。
（三）资金拨付
卫生部、财政部对各地申报材料进行审核后，通过财政专项转移支付，及时核拨申请地区年度补助资金。根据情况，也可采取事先预拨资金、事后审核结算的办法。
三、监督检查
补助资金必须专款专用，任何地区、部门、单位和个人不得截留、挤占、挪用。卫生、财政、审计等部门要定期或不定期对农村合作医疗资金的使用和结余等情况进行监督检查，发现问题及时纠正，并及时向各级政府和有关部门报告。卫生部、财政部根据需要，对各地合作医疗资金使用管理情况进行抽查。
发现虚报冒领、挤占挪用、贪污浪费等违纪违法行为，按照国家有关法律法规严肃处理。对故意虚报参加合作医疗人数骗取上级补助的，除责令其立即纠正，并按规定追究有关单位和人员的责任外，将据实减拨中央财政补助资金。
附表：1、省（区、市） 年度新型农村合作医疗制度实施情况表
2、省（区、市）申请 年度中央财政新型农村合作医疗制度补助资金表
附表1：
省（区、市） 年度新型农村合作医疗制度实施情况表
卫生厅（局）（公章）： 截止 年 月 日 财政厅（局）（公章）：
┌─┬──┬───┬─────┬─────┬─────┬───────────┬──┬──┬──┬──┐
│序│建立│筹资标│地方各级财│ 管理方式 │ 统筹级次 │ 医药费用支付 │资金│已支│已享│备注│
│号│新型│准（元│政负担比例│ │ │ │筹集│出资│受合│ │
│ │农村│ ） ├──┬──┼──┬──┼──┬──┼──┬──┬──┬──┤总额│金总│作医│ │
│ │合作│ │省级│省级│县管│县乡│县级│乡级│门诊│大病│大病│大病│（万│额（│疗补│ │
│ │医疗│ │ │以下│ │共管│ │ │支付│起付│支付│支付│元）│万元│助人│ │
│ │制度│ │ │ │ │ │ │ │比例│ 线 │封顶│比例│ │ ） │ 数 │ │
│ │的县│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 线 │ │ │ │ │ │
│ │名称│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│1 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│2 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│3 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│7 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │合计│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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