寿宁西北部河源地山地自然生态恢复与维护和水源涵养生态功能区（2101）
霍童溪河源水源涵养和生物多样性保护生态功能区（2102）
穆阳溪上游高地农业和水源涵养生态功能区（2105）
（2）水土流失重点防治和监督区（6个）
①闽东太姥--鹫峰山东坡水土流失重点防治和监督区（1个）
闽东诸河中游峡谷陡坡自然生态恢复与维护和土壤保持生态功能区（2103）
②木兰溪--晋江--九龙江中游水土流失重点防治和监督区（4个）
龙江、木兰溪、晋江中游茶果生产和土壤保持生态功能区（4101）
九龙江中游茶果生产和土壤保持生态功能区（4201）
安溪中部高地农业和土壤保持生态功能区（2404）
安溪西部高地农业和土壤保持生态功能区（2507）
③长汀中部水土流失重点防治和监督区（1个）
长汀中部农业和土壤保持生态功能区（1404）
（3）沿海风沙与石漠化控制重要生态功能区（3个）
龙高半岛土壤保持、风沙控制和滨海旅游生态功能区（5206）
莆田沿海突出部--南日岛风沙与石漠化防治和滨海旅游生态功能区（5207）
（漳）浦--云（霄）--诏（安）--东（山）滨海风沙与石漠化控制和旅游生态功能区（5402）
（4）设区市饮用水源水质保障重要生态功能区（9个）
为保障设区市饮用水源水质的安全，设区市饮用水源水质保障重要生态功能区范围的划定，不仅限于取水的水域上游几百上千米范围和周围狭小的陆域（一重山范围），而是按流域考虑取水点上游一定范围的集水区。由于全省9个设区市饮用水源地集水区域往往涉及多个生态功能区（包含多种主导生态功能），不可能把这些所涉及的生态功能区划为以饮用水源水质保护功能作为单一主导生态功能的生态功能区。因此，设区市饮用水源水质保障重要生态功能区的范围，根据其取水点以上一定的流域范围另行划定并采用复区的形式在图上表示（见附图3）。9个设区市饮用水源水质保障重要生态功能区的范围如下：
①福州市区饮用水源水质保障重要生态功能区（涉及的生态功能区有：2201、2203、5101、2301）。福州市区饮用水源地包括闽江北港、南港河道以及第二饮用水源山仔水库，其水质保障重要生态功能区范围包括闽江饮用水源地周围乡镇街道（涉及福州5区和闽侯、永泰、长乐的40多个乡镇街道）、山仔水库流域（涉及古田、连江、罗源县的23个乡镇），面积约2723平方公里。
②莆田市区饮用水源水质保障重要生态功能区（涉及的生态功能区有：2401、2403、4101）。莆田市区饮用水源地为东圳水库，其水质保障重要生态功能区范围为东圳水库流域，涉及城厢区、涵江区和仙游县的20个乡镇，面积约567平方公里。
③泉州市区饮用水源水质保障重要生态功能区（涉及的生态功能区有：4101、5202、5205）。泉州市区饮用水源地包括金鸡水闸内的水域和山美水库，其水质保障重要生态功能区范围为金鸡水闸周围乡镇和山美水库集水区（涉及丰泽区、鲤城区、洛江区和南安市、晋江市、安溪县、惠安县的28乡镇街道），面积约895平方公里。
④厦门市区饮用水源水质保障重要生态功能区（涉及的生态功能区有：2507、4201、5303）。厦门市区饮用水源地包括北溪引水闸水域和长泰坊洋水库，其水质保障重要生态功能区范围为北溪引水闸以北部分乡镇（涉及同安区、集美区、海沧区和南安市、安溪县的12个乡镇）、长泰坊洋溪流域和马洋溪流域（涉及长泰县的坊洋、岩溪、陈巷3个乡镇和安溪县大坪镇），面积约546平方公里。
⑤漳州市区饮用水源水质保障重要生态功能区（涉及的生态功能区有：4201、5302、5303）。漳州市区饮用水源地为九龙江河道，其水质保障重要生态功能区范围为九龙江饮用水源地上游周边乡镇，涉及芗城区、龙文区和南靖县、华安县、长泰县、平和县、龙海市的21个乡镇，面积约658平方公里。
⑥龙岩市区饮用水源水质保障重要生态功能区（涉及的生态功能区有：2501、2503、2509）。龙岩市区饮用水源取自地下水，其水质保障重要生态功能区范围包括龙岩盆地地下水汇水区域，涉及新罗区、永定县、漳平县、上杭县的19个乡镇街道，面积约893平方公里。
⑦三明市区饮用水源水质保障重要生态功能区（涉及的生态功能区有：1303、1305、1311、1313）。三明市区饮用水源地为碧溪七台河和东牙河，其水质保障重要生态功能区范围包括碧溪七台河流域和东牙河流域，涉及梅列区、三元区和沙县、明溪县、永安市的22个乡镇街道，面积约1345平方公里。
⑧南平市区饮用水源水质保障重要生态功能区（涉及的生态功能区有：1106、1314、1204）。南平市区饮用水源地为建溪、西溪和塔前溪，其水质保障重要生态功能区范围包括建溪、西溪和塔前溪取水点上游周边乡镇，涉及延平区和建瓯县的9个个乡镇街道，面积约292平方公里。
⑨宁德市区饮用水源水质保障重要生态功能区（涉及的生态功能区有：2103、2108、3102、3404）。宁德市区饮用水源地包括金涵水库和七都溪，其水质保障重要生态功能区范围包括金涵水库流域和七都溪官仓以上流域，涉及蕉城区、古田县的9个乡镇，面积约1021平方公里。
在设区市市区饮用水源地集水区域所涉及的生态功能区中，有的生态功能区被确定为其他重要生态功能区，因此其面积中包含了与其他重要生态功能区重复计算的面积。9个设区市饮用水源水质保障重要生态功能区的面积合计为8939.78平方公里，其中与其他重要生态功能区重复计算的面积为5073.24平方公里。
（5）特大型水库水环境维护重要生态功能区（4个）
池潭水库与库沿景观和水环境维护生态功能区（1207）
安砂水库与库沿景观和水环境维护生态功能区（1310）
古田--水口水库与库沿景观和水环境维护生态功能区（2313）
棉花滩水库与库沿景观和水环境维护生态功能区（1411）
（6）近岸海域生物多样性保护重要生态功能区（5个）
三沙--罗源湾水产资源保护和港口发展生态功能区（3106）
闽江口渔业和湿地保护生态功能区（5103）
泉州湾河口湿地和水产资源保护生态功能区（5210）
厦门湾港口发展和海洋珍稀物种保护生态功能区（5304）
东山湾典型海洋生态系统保护生态功能区（5404）
2.重要生态功能区保护重点和措施
由于上述重要生态功能区在保持生态平衡、减轻自然灾害、提供水源、确保全省生态环境安全等方面具有重要的作用，应在这些区域建立省级重要生态功能保护区，并实施保护措施，以强化重要生态功能区的保护、管理和建设。
（1）河源水源涵养和生物多样性保护重要生态功能区。包括福建“五江两溪”的河源区，是福建水源涵养的极重要区域。维护和不断提高水文调蓄能力对福建的水资源保障和防洪减灾具有极重要的意义。这些区域也是福建陆域生物多样性最丰富的区域和重要物种栖息繁育地，全省89%的省级以上自然保护区分布在这些区域，其面积占全省省级以上自然保护区总面积的92%。因此，应尽快把森林的主导功能转变到生态服务上，分阶段逐步限制用材林开发，控制林木资源消耗型项目建设，禁止采伐天然阔叶林，对林地退化的区域采取封禁和人工措施加强森林抚育，强化生态公益林保护，完善和优化山地森林生态系统；采取有力措施提高常绿阔叶林比例，改善森林结构，以提高水源涵养能力；强化自然保护区的建设、监督和管理，严格执行
自然保护区条例，同时着手建设自然保护区群网和种质资源库，禁止各种破坏自然资源和产生环境污染的开发建设活动，以维护生物多样性。
（2）近岸海域生物多样性保护重要生态功能区。本类型区域是福建海洋生物多样性最丰富区域，全省90%的省级以上海洋自然保护区分布在这些区域，区域内的一切开发活动和经济活动均应以不干扰破坏海域生物多样性和自然保护区的功能为前提。应加强海域自然保护区和各类海洋生态特别保护区的建设，实施强制性保护；严禁在自然保护区范围内的开发活动，严格控制在河口、红树林等重要湿地以及重要水生生物资源繁育区的开发活动，严禁破坏红树林和珊瑚礁，切实保护好沿海湿地和红树林、珊瑚礁等典型生态系统；加大对滩涂湿地的外来入侵物种互花米草的治理力度；要根据这些海域的环境功能分区及其环境容量，制定污染控制规划，严格控制陆域污水和废弃物在这些海域的排放和倾倒。
（3）设区市饮用水源水质保障重要生态功能区。本类型区域的水质保障对全省9个设区市市区饮用水供水安全具有重要意义。在水源一级保护区内禁止排放污水，禁止其他可能污染水体的活动，禁止新建、扩建与供水设施和保护水源无关的建设项目，已建畜禽养殖场必须限期搬迁；加快流域乡镇生活污水、垃圾处置设施的建设，严禁生活垃圾污水直接排入水体；加强流域生态林的保护和建设，水源一级、二级保护区内一重山封山育林，耕地、园地退耕还林；禁止畜禽规模化养殖，家庭养殖采用沼气技术解决畜禽粪便污染问题；科学合理地施用化肥、农药，有效控制使用植物生长调节剂等农用化学物质；严格控制流域内乡镇的人口规模，减少水源保护的压力，妥善解决饮用水源保护区内居民的生产生活问题。
