根据上述职责，市环境保护局设11个职能处室。
　　（一）办公室
　　组织协调局机关日常工作；负责机关文电、会务、机要、档案、安全、保密、督查、后勤管理服务、政府信息公开和市政府市民服务热线办公室转办事项的办理等工作；组织综合性调研及重大专题调研；组织推进环境信息化建设；负责环境保护的宣传教育工作。
　　（二）政策法规处
　　起草环境保护的地方性法规、规章草案；负责相关规范性文件的合法性审核工作；负责环境保护政策和环境法制的调查研究工作；组织开展环境保护执法检查活动；承办相关行政复议和行政应诉工作；负责全市环境保护普法工作；负责相关人大代表建议、政协委员提案的办理工作；负责信访工作。
　　（三）组织人事处
　　负责机关和所属单位组织人事、机构编制、教育培训等工作；承办协管县（市）区环境保护部门负责人的有关事项；负责机关离退休人员的管理服务工作，指导所属单位离退休人员的管理服务工作。
　　（四）规划财务处
　　组织编制环境功能区划和环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；提出环境保护领域固定资产投资规模、方向和市级资金安排意见；负责局机关财务、国有资产管理工作，监督所属单位财务、国有资产管理工作；负责排污费的征收工作；拟订并组织实施我市环境监测制度和规范，组织实施环境质量监测和污染源监督性监测；组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警；组织建设和管理全市环境监测网和环境信息网；建立环境质量公告制度，统一发布全市环境综合性报告和重大环境信息。
　　（五）科技标准处（挂国际合作处牌子）
　　负责环境保护科技工作；负责贯彻执行各类环境标准、技术规范和污染防治技术政策；负责环境保护设施运营单位资质的审核；负责对清洁生产实施监督，参与指导和推动循环经济发展；承办有关环境保护国际条约的履约工作；参与处理涉外环境保护事务；管理全市环保系统对外经济合作。
　　（六）污染物排放总量控制处
　　组织实施主要污染物排放总量控制和排污许可证制度；提出总量控制计划建议；组织考核各县（市）区总量控制目标的落实情况；负责环保“以奖代补”考核工作；承担环境统计和污染源普查工作。
　　（七）环境影响评价处
　　负责规划环境影响评价、建设项目环境影响评价工作；监督管理环境影响评价机构资质；负责对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作。

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