（三）污染防治科
拟订水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治工作方案并组织实施；组织拟订县区有关污染防治和饮用水源保护工作方案并对实施情况进行监督，承担核安全、辐射安全、放射性废物管理工作；承担核事故、辐射环境事故应急工作；对核设施安全、放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理。
（四）环境影响评价科（自然生态保护科）
承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价的审查批复工作；监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的审批工作；组织编制生态保护工作方案；提出新建的各类市级自然保护区审批建议，对市级自然保护区的保护工作进行监督；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；开展全市生态状况评估；指导生态示范创建与生态农业建设。
（五）污染物排放总量控制科
组织实施主要污染物排放总量控制和排污许可证制度；提出实施总量控制计划；负责城考和总量减排考核工作；组织实施排污申报登记、跨设区市界河流断面水质考核等环境管理制度；承担环境统计和污染源普查工作；承担市污染减排工作领导小组办公室的日常工作；组织开展环境监测，组织协调市污染源监控中心工作。
局机关党总支。负责机关和直属单位的党群工作。
纪检组（监察室）。为市纪委（市监察局）的派驻机构。
四、人员编制
市环境保护局机关行政编制20名（含纪检监察编制2名），机关工勤人员编制2名。其中，领导职数：局长1名、副局长3名、纪检组长1名、总工程师1名；正科级7名（其中机关党总支副书记1名、监察室主任1名），副科级2名。
五、其他事项
关于水污染防治与水资源保护的职责分工。市环境保护局对水环境质量和水污染防治负责；市水务局对水资源保护负责。两部门要进一步加强协调与配合，建立局际协商机制，定期通报水污染防治与水资源保护有关情况，协商解决有关重大问题。市环境保护局发布水环境信息，对信息的准确性、及时性负责。市水务局发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容，应与市环境保护局协商一致。
