根据上述职责，昆明市城市管理综合行政执法局机关设11个内设机构（正科级）和机关党委。
（一）办公室
（二）计划财务处
（三）道路桥梁管理处
（四）环境卫生管理处
（五）户外广告设置管理处
（六）城市照明管理处
（七）法制处（行政复议办公室）
（八）行政执法管理处
（九）行政执法监督处
（十）政策研究宣传处
（十一）人事处（离退休人员办公室）
内设机构的职责由昆明市城市管理综合行政执法局在组织实施本部门“三定规定”工作中负责审定印发，同时抄报市委编办备案。
机关党委
负责机关和所属单位的党群工作。
四、人员编制
昆明市城市管理综合行政执法局机关行政编制58名（含离退休工作人员编制1名）。其中，局长1名（正县级）、副局长4名（副县级），中层领导职数19名。机关党委专职书记1名，专职纪检监察员1名（正科级）、离退休人员办公室主任1名（正科级）。
五、其他事项
（一）涉及在开展相对集中行政处罚权工作中与昆明市规划局、昆明市园林绿化局、昆明市住房和城乡建设局、昆明市商务局、昆明市工商行政管理局、昆明市公安交通部门和昆明市各县（市）区的关系，按照《昆明市人民政府关于印发〈昆明市市与四区政府城市管理职能权限责任调整方案（试行）〉的通知》（昆政通〔2004〕21号）、《昆明市人民政府关于公布城市管理相对集中行使行政处罚权范围的公告》（昆明市人民政府公告第47号）和《
昆明市城市管理综合行政执法规定》（昆明市人民政府令第91号）执行。
（二）收回下达给原昆明市综合行政执法局的执法专项编制14名。昆明市城市管理综合行政执法局机关统一使用行政编制。
（三）昆明市城市客运交通管理处整建制划归昆明市交通运输局管理。
（四）昆明市城市管理综合行政执法局管理昆明市综合行政执法支队、昆明市数字化城市管理办公室、昆明市城市照明控制中心、昆明市环境卫生监测中心、昆明市城市管理局机关后勤服务中心。
