（六）承担保护海洋环境的责任。会同有关部门组织拟订全区海洋环境保护与整治规划，执行国家海洋环境保护标准、规范和污染物排海标准、总量控制制度，组织、管理全区海洋环境的调查、监测、监视和评价，发布海洋专项环境信息，监督陆源污染物排海、海洋生物多样性和海洋生态环境保护，监督管理海洋自然保护区和特别保护区。
（七）组织海洋调查研究，推进海洋科技创新，组织实施海洋基础与综合调查，承担海水利用和海洋可再生能源的研究、应用与管理，执行海洋技术标准、计量、规范和办法，组织对外合作与交流。
（八）承担海洋环境观测预报和海洋灾害预警报的责任。组织实施专项海洋环境安全保障体系建设和日常运行的管理，发布海洋灾害和海平面公报，指导开展海洋自然灾害影响评估工作。
（九）依法维护国家海洋权益，会同有关部门组织研究维护海洋权益的政策、措施，在全区管辖海域实施定期维权巡航执法制度，查处违法活动。
（十）承办自治区人民政府、国家海洋局和自治区国土资源厅交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，自治区海洋局设4个内设机构。
（一）办公室（行政审批办公室）。
负责文电、会务、机要、档案、人事、党群、离退休管理等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访和新闻发布工作；负责机关财务和资产管理；组织编制部门预算，监督管理预算执行、各项费用使用；组织实施政府采购；负责海洋资源行政审批报件的受理、初审、送办、督办、发文（证）工作。
（二）法规和规划科技处。
起草与海洋资源有关的地方性法规、规章、规范性文件草案；组织有关法律法规的宣传教育；承担行政执法监督、行政复议和行政应诉工作；拟订全区海洋综合开发整治的政策措施，组织拟订并监督实施我区海洋事业发展、海洋经济发展、海洋主体功能区、海洋信息化等规划和科技兴海战略；承担海洋经济运行监测、统计、核算、评估及信息发布的工作；组织开展海洋科学技术研究与应用；组织实施海洋调查与评价工作；组织实施海水利用和海洋可再生能源研发、应用；承担科技平台和数字海洋建设；承担海洋科技成果、知识产权管理工作；组织实施本行业科技项目的对外合作与交流。
（三）海域和海岛管理处。
执行海域使用和海岛管理政策与技术规范，编制并实施全区海洋功能区划和海岛保护规划；承担海域使用项目的审核、海域使用权登记工作；承担无居民海岛的开发、建设、保护与管理工作；承担海域使用金具体征收和减免的有关工作；承担海域使用和海岛使用的论证评估工作；承担海岛名称及其标志设置的有关工作。
