5、出具审批文件。收到申请人按照专家评审组意见修改，并经专家评审组组长签名确认的报告书（报批稿）等材料后，审批机关应及时办理批复文件。不予批准的，应说明理由。审批机关一般应在受理后20个工作日内完成审批工作（不计专家评审、现场查勘、申请人报告修改时间）。
六、水资源论证报告书的存档和统计
1、存档。审批机关应当及时将业主单位的审批申请文件、审查会议通知、审查会参加人员名单、报告书报批稿、专家评审组审查意见、专家评审表、建设项目水资源论证工作委托合同、取水单位或者个人的法定身份证明文件、第三者承诺书或协议、会议纪要等有关材料及时分类归档。
2、统计。各市应认真做好对本行政区域内水资源论证报告书审批情况的统计工作。每季度结束后5日内，县级水行政主管部门将上季度水资源论证报告书审批情况报送市水行政主管部门，各市于每季度结束后10日内将上季度本市行政区域内水资源论证报告书审批情况报送厅水资源水保处（表式见附件2）。审批机关应在审批程序结束后10日内将报告书（报批稿）电子版输入到全省水资源管理信息系统平台“水资源论证数据库”备案。
七、水资源论证的监督管理
1、第三者的合法利益。建设项目取水涉及第三者利害关系的，由业主单位负责进行协调，水资源论证报告中应当附具第三者对取、退水的书面意见，或业主单位与第三者的承诺书或协议、纪要等其他文件。涉及第三者利益较大或者第三者反映强烈的，审批机关可邀请其参加水资源论证审查会议。
2、层级间的监督管理。各级水行政主管部门应加强对下一级水行政主管部门水资源论证工作的监督管理，科学、公正、合理的审批查水资源论证报告书。对于在报告书审批过程中把关不严，以及有越权、侵权审批行为的审批机关，上一级水行政主管部门应责令其限期提出整改意见，整改期间不得从事报告书审批工作（其审批权由上一级水行政主管部门代为行使）。整改意见经上一级水行政主管部门认可后，方可重新开展审批工作。
3、资质单位的监督管理。各级水行政主管部门对在本辖区内开展水资源论证工作的资质单位负有监督职责，发现资质单位有违反水资源论证法律、法规行为的，应当及时向省水利厅报告。建立资质单位定期考核制度。省水利厅每年不定期地对乙级资质单位编制的水资源论证报告书进行抽查，抽查结论作为定期考核的依据。在抽查中发现资质单位有严重违规行为的，或报告书质量确属不合格的，对该资质单位予以通报批评。定期考核不合格的，依法给予通报批评、暂停执业等处理。情节严重或一年内连续通报两次的，将按照有关法律、法规的规定收缴资质单位资质证书。对甲级资质单位的监督管理严格按水利部规定执行。
